На территории области в годы Великой Отечественной войны не проводилось военных действий. Главными задачами и испытаниями для руководства и населения вновь образованной области стали обеспечение армии продовольствием и размещение около 11 тысяч эвакуированных, в том числе двух тысяч детей. Особую заботу костромичи проявили к блокадникам-ленинградцам. На территории области работали 8 эвакогоспиталей – в Костроме, Галиче, Буе, Мантурове, Шарье. По инициативе макарьевских комсомольцев молодежь области собрала средства на строительство танковой колонны имени Героя Советского Союза Юрия Смирнова. Костромские колхозники на свои средства построили танковую колонну имени Ивана Сусанина.
Как и по всей стране после войны резко сократилось число рабочих рук, износилось оборудование, уровень промышленного и сельскохозяйственного производства упал значительно ниже довоенного. Возрождение стало главной задачей для области в первые послевоенные годы и в начале 50-х.