Нерехта упоминается в 1362 году в житии Пахомия, основавшего в 3 верстах от города монастырь, упразднённый в 1764 году и обращенный в приходскую церковь. В 1406 году волость Нерехта великий князь Василий I Дмитриевич отдал супруге своей Софье Витовтовне; в это время здесь уже были соляные варницы.

В 1462 году великий князь Василий Тёмный отдал Нерехту с варницами своей жене Марии Ярославне. Около 1609 года Нерехта была сожжена и опустошена; по описи 1627 года жилища здесь наполовину стояли пустыми, варницы были оставлены. Солеварение окончательно прекратилось в XVIII веке. До 1778 года Нерехта была пригородом Костромского уезда, а затем сделана уездным городом. По описи 1764 году в Нерехте были богатые купцы и зажиточные ремесленники; жители с успехом занимались огородничеством; были 3 ярмарки и еженедельно базары.