Район расположен на юго-востоке Костромской области, граничит на севере – с Нейским и Мантуровским, на западе – с Антроповским и Кадыйским районами, на юге и востоке – с Ивановской и Нижегородской областями.
Макарьевский на Унже уезд был образован в составе Унженской провинции Костромского наместничества 5 сентября 1778 года. В 1796 года уезд вошел в состав Костромской губернии. Макарьевский уезд входил в восточную группу уездов, на севере граничил с Кологривским, на востоке – с Варнавинским, на западе – с Галичским и Кинешемским уездами.
Площадь уезда составляла 10 652 кв. версты. По данным переписи 1897 года в уезде было 128 974 человек наличного населения (из них 57 535 мужчин и 71 439 женщин). В начале XX века проживало 178,5 тыс., плотность населения – 16,8 человек на кв. версту. Населенные пункты: 3 города, 1 слобода, 63 села, 943 деревни, 12 сельца, 24 отдельно стоящие усадьбы. В 1907 году насчитывалось 769 промышленных предприятий. Наибольшее расстояние от волостного до уездного центра – 195 верст.
Макарьевский край – лесной, крестьянский, не имевший крупных промышленных предприятий, крупных городов и прославленный разве что преподобным Макарием Унженским, основавшим здесь святую обитель.
Основное время крестьян было занято работой в сельском хозяйстве, но малоземелье и скудные урожаи заставляли искать дополнительные заработки.
Наиболее развитыми промыслами были сплав леса и изготовление валяной обуви, причем в последнем случае мастера уходили от родных мест довольно далеко: кто в Самарскую, кто в Оренбургскую, Пермскую, Саратовскую и другие губернии. Часть макарьевских крестьян уходила для службы на судах и пароходах в качестве водоливов, лоцманов.
Уроженцы Сокольской волости занимались плотничьим, пильным и судостроительным промыслами. Плотники работали на Волге от Нижнего Новгорода до Костромы, строили лодки и корпуса для пароходов.
Из Чудской волости в Петербург, Москву, Нижний, Казань, Оренбург и близлежащие губернии отправлялись маляры.
В 1895 году в волостях насчитывалось 12 промыслов: валенокатальный, смолокуренный, бондарный, стекольный, изготовление кожаной обуви, выделка овчин, горшечный, шитье зимней и летней одежды, тележный, рогожный, выделка заячьих и беличьих шкурок, рогожный (рогозильный) промысел. Занимались плетением лаптей из лыка, которое заготовляли в собственных дачах. Почти во всех волостях выделывались овечьи шкуры. Этот промысел был направлен, в основном, на местных потребителей.
Гончарный промысел встречался почти во всех уездах губернии, но лишь макарьевская посуда шла на продажу за пределы губернии – в села Катунки и Хохлому Нижегородской губернии.
Бытовал в Макарьевском уезде и коновальный промысел.
До 1918 года уезд состоял из 27 волостей: Бортновской, Боярской, Белбажской, Валовской, Верхне-Нейской, Дорофеевской, Завражной, Зарецкой, Ильинско-Заборской, Каргинской, Ковернинской, Кусской, Ловыгинской, Мамонтовской, Морковицкой, Немденской, Нижне-Нейской, Пелеговской, Пограничной, Скоробогатовской, Словинской, Сокольской, Тимошинской, Унженской, Чернышевской, Чудской, Юровской.
В 1917 – 1918 гг. были образованы Николо-Чудская, Котловская, Вознесенская, Столпинская, Белбажская, Федоровская волости.
В марте 1918 года из Кологривского уезда в Макарьевский была передана Ануфриевская волость, в апреле 1918 года – Погощенская волость, в октябре 1918 года – Коткишевская и Солтановская волости.
В 1918 году был образован Ковернинский уезд. Первоначально в уезд были включены Ковернинская, Федоровская, Скоробогатовская, Мамонтовская, Белбажская, Ильинско-Заборская, Юровская, Бортниковская, Боярская, Дорофеевская, Валовская волости Макарьевского уезда. В марте 1918 года присоединились еще Каргинская и Ловыгинская волости.
Постановлением Президиума ВЦИК от 27 июля 1922 года Макарьевский уезд был передан в Иваново-Вознесенскую губернию в составе городов Макарьева, Унжи и Кадыя и волостей: Коткишевской, Салтановской, Погощенской, Ануфриевской, Верхне-Нейской, Унженской, Тимошинской, Зарецкой, Словинской, Николо-Чудской, Котловской, Немденской, Марковицкой, Вознесенчкой, Чернышевской, Спасс-Столпинской, Завражной, Пелеговской, Чудской. Волости Кусская и Пограничная были переданы в состав Галичского уезда Костромской губернии.
20 февраля 1924 года было принято постановление ВЦИК «Об административном делении Иваново-Вознесенской губернии». В Макарьевском уезде после укрупнения остались Кадыйская, Николо-Макаровская, Макарьевская, Словинская, Салтановская, Тимошинская и Унженская волости. Из Юрьевецкого уезда в состав укрупненной Николо-Макаровской волости Макарьевского уезда была включена Юровская волость.
Позднее, по постановлению ВЦИК от 8 ноября 1926 года, были уточнены границы Унженской и Макарьевской волостей, часть волостей Унженской волости была перечислена в Макарьевскую.
В 1929 году в состав Костромского округа Ивановской промышленной области вошли Солтановская и Словинская волости Макарьевского уезда Иваново-Вознесенской губернии без селений, отошедших к Кинешемскому округу.
Тогда же был образован Кинешемский округ Ивановской промышленной области, в состав которого вошел Макарьевский район.
Состав сельсоветов Макарьевского района Кинешемского округа: Авксентьевский, Ануфриевский, Верхне-Нейский, Власовский, Дешуковский, Елкинский, Зарецкий, Ивакинский, Кадыйский, Красногорский, Куриловский, Лодыгинский, Нижне-Нейский, Николо-Макаровский, Никулинский, Ново-Чудцкий, Обелевский, Павлыгинский, Паньковский, Погощенский, Сивковский, Тимошинский, Торзатский, Унженский, Юровский, Ярцевский.
В 1935 году Елкинский и Погощенский сельсоветы были переданы из Макарьевского в Нейский район; Кадыйский, Новочудский, Павлыгинский и Паньковский – в Кадыйский район.
При разделении Ивановской промышленной области на Ивановскую и Ярославскую в 1936 году Макарьевский район остался в составе Ивановской.
В 1944 году в связи с образованием Костромской области Макарьевский был выделен в числе других районов из Ивановской области и вошел в ее состав. В это время в районе имелись сельсоветы: Авксентьевский, Ануфриевский, Власовский, Верхне-Нейский, Зарецкий, Ивакинский, Красногорский, Куриловский 1, Лодыгинский, Нижне-Нейский, Николо-Макаровский, Никулинский, Обелевский, Дешуковский, Сивковский, Тимошинский, Торзатский, Унженский, Юровский, Ярцевский.
В 1954 году было проведено укрупнение сельсоветов: Никулинский и Ануфриевский были объединены в Шемятинский, Сивковский и Лодыгинский – в Сивковский, Обелевский и Верхне-Нейский – в Обелевский, Власовский и Куриловский – в Якимовский, Зарецкий и Ивакинский – в Григорьевский, Красногорский и Авксентьевский – в Красногорский, Ярцевский и Дешуковский – в Княжевский, кроме того, были оставлены Нижне-Нейский, Николо-Макаровский, Тимошинский, Торзатский, Унженский, Юровский.
В 1958 году в состав Макарьевского района были переданы Вознесенский и Нежитинский сельсоветы Кадыйского района, Обелевский сельсовет Макарьевского района – в Нейский район. В 1959 году Григорьевский сельсовет был объединен с Якимовским с присвоением объединенному сельсовету наименования Усть-Нейского.
В 1960 году в Макарьевском районе имелись сельсоветы: Вознесенский, Княжевский, Красногорский, Нежитинский, Нижне-Нейский, Николо-Макаровский, Сивковский, Тимошинский, Торзатский, Унженский, Усть-Нейский, Шемятинский, Юровский.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 1 февраля 1963 года был образован Макарьевский сельский район с центром в городе Макарьеве. В его состав вошли все сельсоветы Макарьевского и Кадыйского районов. В 1965 году вновь был создан Макарьевский район в составе сельсоветов, существовавших до 1963 года.
В соответствии с законом области «Об установлении границ муниципальных образований Костромской области и наделении их статусом» от 30 декабря 2004 года № 237 район получил статус муниципального района.