Район расположен в центральной части Костромской области на севере граничит с Кологривским, на востоке — с Мантуровским, на юге — с Макарьевским, на юго-западе — с Антроповским, на западе — с Парфеньевским районами Костромской области.
В начале XX века территории будущего Нейского района входили в состав Вожеровской, Коткишевской, Никитской, Погощенской, Потрусовской, Солтановской волостей Кологривского уезда и Верхне-Нейской волости Макарьевского уезда.
В 1929 году при образовании Костромского округа Ивановской промышленной области был образован Нейский район. В его состав полностью вошел Кужбальский район, селения Солтановской волости Макарьевского уезда Иваново-Вознесенской губернии, часть селений Мантуровского района бывшей Костромской губернии.
В это время Нейский район состоял из сельсоветов: Александровского, Заингирского, Ивановского-Вожеровского, Ивановского-Мантуровского, Каменского, Конновского, Коткишевского, Головешкинского, Кужбаловского, Михалевского, Пасниковского, Солтановского, Стрелицкого, Тимофеевского, Фуфаевского, Потрусовского. В январе-феврале 1935 года в Нейский район были переданы Елкинский и Погощинский сельсоветы Макарьевского района. В 1934 году в Мантуровский район были возвращены из Нейского района Стрелицкий и Иваново-Мантуровский сельсоветы (в 1933 году они еще находились в Нейском районе).
В 1936 году район вошел в Ярославскую область, а в 1944 году – в Костромскую.
В 1945 году в состав Нейского района входили сельсоветы: Александровский, Головешкинский, Елкинский, Заингирский, Иваново-Вожеровский, Каменский, Конновский, Кужбальский, Коткишевский, Михалевский, Постниковский, Погощенский, Потрусовский, Солтановский, Тимофеевский, Фуфаевский.
В 1954 году было проведено укрупнение сельсоветов Нейского района: Головешкинский, Иваново-Вожеровский и Александровский были объединены в Вожеровский; Фуфаевский и Тимофеевский – в Фуфаевский; Кужбальский, Каменский и Конновский – в Кужбальский; Михалевский и Постниковский – в Михалевский; Солтановский и Погощенский – в Солтановский; Заингирский и Потрусовский – в Заингирский. Кроме них существовали Елкинский и Коткишевский сельсоветы.
Решением Костромского облисполкома № 218 от 5 апреля 1958 года в состав Нейского района был передан Обелевский сельсовет из Макарьевского района; решением № 1018-а от 8 декабря 1959 года в состав Нейского района передан Гавринский сельсовет из Парфеньевского района; решением № 293 от 7 апреля 1960 года был упразднен Гавринский сельсовет, его территория передана в состав Вожеровского сельского совета.
На 1 июля 1960 года в составе Нейского района находились сельсоветы: Вожеровский, Елкинский, Заигринский, Коткишевский, Кужбальский, Михалевский, Обелевский, Солтановский, Фуфаевский.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР № 5 (227) от 1 февраля 1963 года был образован Нейский сельский район с центром в городе Нея, существовавший до 1965 года. В его состав вошли все сельсоветы Нейского и Парфеньевского районов.
Решением Костромского облисполкома № 804 от 9 сентября 1965 года был образован Тотомицкий сельсовет, в него перешла часть населенных пунктов Вожеровского сельсовета; решением № 675 от 26 октября 1967 года был образован Номженский сельсовет и в его состав переданы населенные пункты Номжа и Лось Елкинского сельсовета; решением № 443 от 25 сентября 1968 года был упразднен Заингирский сельсовет и его территория передана в состав Кужбальского сельсовета.
На 1 января 1981 года в состав района входили Вожеровский (село Вожерово), Елкинский (поселок Коммунар), Коткишевский (село Коткишево), Кужбальский (село Кужбал), Михалевский (село Михали), Номженский (поселок Номжа), Обелевский (деревня Дьяконово), Солтановский (село Солтаново), Тотомицкий (поселок Тотомица), Фуфаевский (поселок Школьный) сельсоветы.
В соответствии с законом области «Об установлении границ муниципальных образований Костромской области и наделении их статусом» от 30 декабря 2004 года № 237 район получил статус муниципального района.
Город Нея
Город Нея – административный центр одноименного городского поселения, муниципального района город Нея и Нейский район, расположен в 231 км к северо-востоку от Костромы. Население – 10941 человек (данные на 2007 год).
Город возник на базе железнодорожной станции, построенной в начале ХХ века, вблизи пересечения железной дороги с рекой Неей – правым притоком Унжи.
Город получил свое название по имени реки. Эти места предположительно до IX века населяли племена Меря. На их угро-финском языке «Неия» означает «переплетенная, извилистая река», а славяне в IX-X веках стали называть ее просто Нея.
Центр нынешнего города – бывшая деревня Дорофеево. Эта деревня упоминается в 1628 году в составе Коткишевской волости, когда деревню вместе с другими получил за оборону Москвы от поляков окольничий М.М. Салтыков. В последующем деревня принадлежала его сыну и внуку, затем князю О.И.Щербатову, М.П.Римскому- Корсакову.
Развитие торгово-производственных связей центра России с Сибирью поставили вопрос о развитии железнодорожного транспорта и строительстве железной дороги, общее направление которой совпало с древним торговым трактом Неей. В 1903 году это строительство началось, а в 1906 году по Северной железной дороге было открыто движение поездов.
С пуском Волго-Вятской железной дороги особенно быстро стала развиваться промышленность. Кроме лесопильной и деревообрабатывающей, в Нее получило производство на базе переработки местного сырья (льна, картофеля, продуктов животноводства, глины).
Многие годы Нея имела статус поселка. В 1920-1930-е годы поселок входил в состав Иваново-Вознесенской губернии, Ивановской промышленной области.
В годы Великой Отечественной войны в Нее находилась военная база, выполнявшая задачу обеспечения войск артиллерийскими боеприпасами. На фронт было отправлено 387 эшелонов боевого имущества. В 1941 году в Нее действовал эвакуационный госпиталь.
Решением Костромского облисполкома № 654 от 18 декабря 1957 года рабочий поселок Нея преобразован в город районного подчинения Нея. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 28 февраля 1958 года № 731/П рабочий поселок Нея был преобразован в город со статусом районного подчинения.